Если счёт-фактура выставлен продавцом в одном налоговом периоде, а получен покупателем в следующем налоговом периоде, то вычет суммы налога следует производить в том налоговом периоде, в котором счёт-фактура фактически получен.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 03.02.2011 № 03-07-09/02.
Аргументация следующая. Счёт-фактура выставляется не позднее пяти дней со дня отгрузки (п. 3 ст. 168 НК РФ). В книге продаж он регистрируется в хронологическом порядке в том налоговом периоде, в котором возникает налоговое обязательство (п. 17 Правил ведения журналов учёта полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчётах по НДС, утверждённых Постановлением Правительства РФ от 02.12.2000 № 914).
Продавец счета-фактуры, выставленные на основании п. 3 ст. 168 НК РФ в течение пяти календарных дней, считая со дня отгрузки товаров, произведённой в последний день налогового периода, регистрирует в книге продаж за налоговый период, в котором осуществлена отгрузка.
Покупатель счета-фактуры, полученные от продавцов, регистрирует в книге покупок, ведение которой необходимо в целях определения суммы НДС, предъявляемой к вычету, по мере возникновения прав на налоговые вычеты в порядке, установленном ст. 172 НК РФ (п. 7 и 8 Правил).