Минфин России в Письме от 17.03.2011 № 03-02-08/27 дал разъяснения по вопросам об исчислении срока исковой давности для взыскания недоимки, а также для возврата суммы излишне уплаченного налога. Общий срок давности взыскания недоимки, а также задолженности по соответствующим пеням и штрафам НК РФ не установлен. Кодексом установлены конкретные процессуальные сроки, в том числе для принятия решений по результатам рассмотрения материалов налоговых проверок и дополнительных мероприятий налогового контроля, направления требования об уплате налога, исполнения требования об уплате налога, для принятия решения о взыскании налога.
В Определении Конституционного Суда РФ от 21.06.2001 № 173-О указано, что норма ст. 78 НК РФ о сроке подачи налогоплательщиком заявления в налоговый орган не препятствует в случае пропуска указанного срока обратиться в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы в порядке гражданского или арбитражного судопроизводства, и в этом случае действуют общие правила исчисления срока исковой давности - со дня, когда лицо узнало или должно было узнать о нарушении своего права (п. 1 ст. 200 ГК РФ).