В соответствии с подп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ не вправе применять УСН организации, имеющие филиалы и (или) представительства.
Статьёй 55 ГК РФ предусмотрено, что филиалом является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения и осуществляющее все его функции или их часть, в том числе функции представительства. Представительством является обособленное подразделение юридического лица, расположенное вне места его нахождения, которое представляет интересы юридического лица и осуществляет их защиту. Представительства и филиалы должны быть указаны в учредительных документах создавшего их юридического лица.
Согласно ст. 11 НК РФ обособленным подразделением организации признаётся любое территориальное обособленное от неё подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Признание обособленного подразделения таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создаётся на срок более одного месяца.
Таким образом, если организация создала обособленное подразделение, которое не является филиалом или представительством, то она вправе применять УСН на общих основаниях.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 22.07.2011 № 03-11-06/2/108.