На основании подп. 5 п. 1.1 ст. 148 НК РФ местом реализации услуг по перевозке (транспортировке) и услуг, непосредственно связанных с перевозкой (транспортировкой), не перечисленных в подп. 4.1 и 4.2 п. 1 ст. 148 НК РФ, территория РФ не признаётся. Поскольку услуги, непосредственно связанные с транспортировкой товаров между двумя пунктами, расположенными за пределами территории РФ, в том числе транспортно-экспедиционные, к услугам, перечисленным в вышеуказанных подп. 4.1 и 4.2 п. 1 ст. 148 НК РФ, не относятся, то местом реализации таких услуг территория РФ не признаётся.
Местом реализации транспортно-экспедиционных услуг при организации перевозки железнодорожным транспортом товаров между двумя пунктами, расположенными на территории Республики Казахстан, оказываемых российской организацией по договору транспортной экспедиции иностранной организации, являющейся хозяйствующим субъектом Украины, территория РФ не признаётся и, соответственно, такие услуги объектом налогообложения НДС в РФ не являются.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина России от 03.11.2011 № 03-07-08/307.