Заявительный порядок возмещения НДС регламентируется нормами ст. 176.1 НК РФ. Организация, соответствующая условиям ст. 176.1 НК РФ, может произвести зачёт (возврат) суммы НДС, заявленной к возмещению, до завершения камеральной проверки, подав соответствующее заявление не позднее пяти дней со дня подачи соответствующей декларации. Если впоследствии проверка покажет, что НДС к возмещению заявлен необоснованно, инспекция сообщит об этом компании и одновременно направит требование об уплате излишне полученной организацией (зачтённой ей) в заявительном порядке суммы налога (п. 17 ст. 176.1 НК РФ).
Нормы ст. 176.1 НК РФ не препятствуют организации реализовать право на возмещение в заявительном порядке как всей суммы НДС, подлежащей возмещению на основании декларации за соответствующий налоговый период, так и части заявленной суммы.
Такие разъяснения даны в Письме Минфина России от 04.04.2012 № 03-07-15/32.