Приказом ФНС России от 10.05.2012 № ММВ-7-2/297@ внесены изменения в Концепцию системы планирования выездных налоговых проверок (утв. Приказом ФНС РФ от 30.05.2007 № ММ-3-06/333@). Теперь поводом для такой проверки может стать не только непредставление налогоплательщиком пояснений на уведомление налогового органа о выявлении несоответствия показателей деятельности, но и непредставление запрашиваемых ИФНС документов, наличие у налоговой инспекции информации об их уничтожении или порче, а также необеспечение сохранности данных бухгалтерского и налогового учёта или их восстановления в случае утраты в результате пожара, затопления, иных форс-мажорных обстоятельств.
При выборе объектов для проведения выездных налоговых проверок налоговый орган теперь будет учитывать информацию, поступающую в ходе рассмотрения жалоб и заявлений граждан, юридических лиц и индивидуальных предпринимателей, правоохранительных и иных контролирующих органов, о выплате налогоплательщиком неучтенной заработной платы («в конвертах»), неоформлении или неправильном оформлении трудовых отношений.
Также Приказом опубликованы среднеотраслевые показатели налоговой нагрузки и уровня рентабельности по видам экономической деятельности за 2011 г., отклонения от которых являются критериями для отбора организаций для проверок. Приказом установлено, что эти показатели ежегодно, не позднее 5 мая, должны быть определены и размещены на официальном интернет-сайте ФНС России.