Сведения о доходах физических лиц за истекший год и суммах начисленных, удержанных и перечисленных в бюджетную систему РФ налогов по форме № 2-НДФЛ подаются в инспекцию по месту учёта организации ежегодно не позднее 1 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом. Об этом говорится в п. 2 ст. 230 НК РФ.
Обязанность организации по перечислению НДФЛ в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения должна корреспондировать с обязанностью представления сведений по форме № 2-НДФЛ в налоговые органы по месту нахождения такого обособленного подразделения. Поэтому организации, являющиеся налоговыми агентами и имеющие обособленные подразделения, сведения о доходах физических лиц в отношении работников головной организации представляют в налоговые органы по месту своего учёта (месту нахождения), а в отношении работников обособленных подразделений — по месту учёта организации по соответствующему обособленному подразделению.
Такие разъяснения содержатся в Письме ФНС России от 30.05.2012 № ЕД-4-3/8816@.