Обязанность организации по перечислению НДФЛ в бюджетную систему РФ по месту нахождения обособленного подразделения должна корреспондировать с обязанностью представления сведений о доходах физических лиц в налоговые органы по месту нахождения такого обособленного подразделения.
Таким образом, организации, имеющие обособленные подразделения, сведения о доходах физических лиц в отношении работников головной организации представляют в налоговые органы по месту своего учёта (месту нахождения), а в отношении работников обособленных подразделений – по месту учёта организации по соответствующему обособленному подразделению (Письмо ФНС России от 30.05.2012 № ЕД-4-3/8816@).