Если покупатель отказывается от некачественной продукции, принятой им на учёт, и по договорённости с продавцом производит её утилизацию, покупателю выставлять счета-фактуры на возврат не нужно.
В данном случае согласно ст. 169 НК РФ продавцу следует оформить для покупателя корректировочный счёт-фактуру, в котором указать количество (объём) поставленных (отгруженных) товаров и их стоимость до и после утилизации.