В письме от 27.07.2012 № 03-03-06/4/81 Минфин России напомнил, что, исходя из положений ст. 146 НК РФ и ст. 2 Федерального закона от 29.12.94 № 79-ФЗ «О государственном материальном резерве», операция по освежению материальных ценностей, заложенных в государственный резерв, облагается НДС.
При этом в рамках освежения запасов госрезерва осуществляется как операция по реализации госимущества, не закрепленного за государственными организациями, составляющими государственную казну, при осуществлении которой НДС уплачивается налоговым агентом - покупателем такого имущества (абз. 2 п. 3 ст. 161 НК РФ), так и операция по реализации материальных ценностей, закладываемых в госрезерв, также являющаяся объектом налогообложения НДС на основании подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ.
Таким образом, компания, получающая материальные ценности из госрезерва с одновременной поставкой в него аналогичного имущества, уплачивает НДС и как налоговый агент, и как плательщик НДС. На основании п. 3 ст. 172 НК РФ суммы НДС, уплаченные организацией-плательщиком НДС в качестве налогового агента, могут быть предъявлены к вычету.
А вот учесть уплаченный НДС в целях налогообложения прибыли нельзя. Это следует из нормы п. 19 ст. 270 НК РФ.