Минфин России в письме от 26.09.2012 № 03-07-15/127 указал, что представление в налоговые органы банковской гарантии, обеспечивающей исполнение обязательств по возврату в бюджет суммы НДС, заявленной к возмещению, является одним из условий возмещения НДС в заявительном порядке (п. 2 ст. 176.1 НК РФ). Вместе с тем нормы ст. 176.1 НК РФ не препятствуют налогоплательщикам реализовать право на возмещение НДС в заявительном порядке как в отношении всей суммы налога, заявленной к возмещению в декларации, так и в отношении части этой суммы. А значит, и банковская гарантия может быть представлена именно на ту часть суммы налога, заявленной к возмещению в декларации по НДС, которую организация намерена возместить из бюджета в заявительном порядке. Это не противоречит действующим нормам налогового законодательства.
Разъяснения финансистов доведены до налоговых органов письмом ФНС России от 17.10.2012 № ЕД-4-3/17586.