У налоговиков остаётся возможность заморозить счёт «бумажным» решением

В соответствии с новой редакцией п. 4 ст. 76 НК РФ, с 01.08.2012 решения о приостановлении (отмене приостановления) операций организации по счетам в банке и переводов электронных денежных средств направляются налоговым органом в банк только в электронной форме. Однако если направить решение в электронном виде не представляется возможным по объективным причинам (например, в случае не заключения банком соглашения с Банком России), такое решение может быть отправлено в банк на бумаге.

(Письмо ФНС России от 22.10.2012 № АС-4-2/17859)