Организации, отнесённые к категории крупнейших налогоплательщиков, вправе сами выбрать способ представления в налоговые органы сведений о доходах физических лиц по форме 2-НДФЛ на сотрудников обособленных подразделений.
Как поясняет ФНС, они могут представлять указанные сведения непосредственно в налоговый орган по месту нахождения такого обособленного подразделения либо в режиме «одного окна» (аналогично представлению налоговой и бухгалтерской отчётности) в налоговый орган по месту учёта в качестве крупнейшего налогоплательщика.
Соответствующее письмо ФНС России от 26.12.2012 № ЕД-4-3/22280@ размещено на сайте ФНС.
До 2013 г. крупнейшие налогоплательщики представляли сведения о доходах своих сотрудников в общем порядке, то есть сведения о доходах в отношении сотрудников головной организации представлялись в налоговые органы по месту своего учёта (месту нахождения), а в отношении работников обособленных подразделений - по месту учёта организации по соответствующему обособленному подразделению.