В сентябре - октябре 2012 г. Счётной палатой по обращению ФСБ России и МВД России проведена проверка использования средств федерального бюджета, направленных на реализацию мероприятий, связанных с созданием и обеспечением функционирования инновационного центра «Сколково».
Счётной палатой, в частности, установлено, что в период с 2010 г. по 1 октября 2012 г. общий объём субсидий, направленных на реализацию проекта «Сколково», составил 31,6 млрд руб. В указанный период управляющей компанией - некоммерческой организацией «Фонд развития Центра разработки и коммерциализации новых технологий» (далее - Фонд) израсходовано 18,9 млрд руб. (59,8% полученной субсидии).
Проверка показала отсутствие в субсидиях, направленных на реализацию проекта «Сколково», конкретных целевых показателей в привязке к срокам их реализации, что создаёт риски достоверности оценки эффективности их использования.
В ходе контрольного мероприятия Фондом устранены финансовые нарушения на общую сумму 3,8 млрд руб.
По решению Коллегии Счётной палаты направлены письмо Президенту РФ, представления в Минфин России и президенту Фонда. Материалы проверки также были направлены в ФСБ России по её обращению.
В декабре 2013 г. Счётная палата планирует приступить к комплексному аудиту эффективности расходования средств федерального бюджета, направленных на реализацию мероприятий, связанных с созданием и обеспечением функционирования инновационного центра «Сколково».