Минфин России в письме от 21.03.2013 № 03-07-09/8906 разъяснил порядок оформления счетов-фактур по транспортным расходам, возмещаемым покупателем товаров их продавцу, для целей НДС.
Так, если продавец оказывает услуги по доставке товаров на основании договора комиссии или агентского договора, то вычеты НДС покупателем таких товаров производятся на основании счетов-фактур, составленных продавцом в соответствии с Правилами заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденными постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137.
При этом согласно подп. «в» п. 1 данных Правил при составлении счета-фактуры комиссионером (агентом), приобретающим товары (работы, услуги) от своего имени, в частности услуги по транспортировке товаров, в строке 2 счета-фактуры указываются полное или сокращенное наименование фактического продавца услуг, а не комиссионера (агента).