В соответствии с п. 1 ст. 172 НК РФ для принятия НДС к вычету помимо счета-фактуры необходимо, чтобы товары (работы, услуги) были приняты покупателем к учету и имелись в наличии соответствующие первичные документы.
Поэтому у организации — заказчика НИОКР право на налоговые вычеты возникает в том налоговом периоде, в котором результаты выполненных работ приняты к учету на основании первичных учетных документов и при наличии счетов-фактур, выставленных исполнителем.
(Письмо Минфина России от 24.05.2013 № 03-07-09/18671)