Если выполнение НИОКР по перечню, установленному постановлением Правительства РФ от 24.12.2008 № 988, осуществляется по этапам в разных налоговых периодах, то расходы на НИОКР включаются в состав прочих расходов того отчетного (налогового) периода, в котором завершены отдельные этапы НИОКР. При этом для применения к фактически осуществленным расходам коэффициента 1,5 необходимо по итогам налогового периода, в котором завершены отдельные этапы НИОКР, представить одновременно с налоговой декларацией по налогу на прибыль организаций отчет о выполненных этапах НИОКР. В противном случае суммы расходов на выполнение данных этапов НИОКР учитываются в составе прочих расходов в размере фактических затрат без применения коэффициента 1,5.
Возможность признания расходов по НИОКР в целом по окончании всех этапов работ в случае, если выполнение этапов НИОКР приходится на разные налоговые периоды, главой 25 НК РФ не предусмотрена.