В Постановлении от 26.07.2007 № 47 «О порядке исчисления сумм пеней за просрочку уплаты авансовых платежей по налогам и страховым взносам на обязательное пенсионное страхование» Пленум ВАС РФ высказал следующую позицию: «Если по итогам налогового периода сумма исчисленного налога оказалась меньше суммы авансовых платежей, подлежавших уплате в течение этого налогового периода, судам необходимо исходить из того, что пени, начисленные за неуплату указанных авансовых платежей, подлежат соразмерному уменьшению».
Минфин России считает, что эту позицию ВАС РФ следует учитывать и в случае, когда по итогам налогового периода сумма исчисленного налога, уплачиваемого в связи с применением УСН (исходя из фактически полученных доходов), оказалась меньше суммы авансовых платежей по этому налогу, подлежавших уплате в течение этого налогового периода.