Минфин России пришел к выводу, что если начисление вознаграждения руководителю производится на основании трудового договора, а показатель чистой прибыли (по данным бухгалтерского учета) применяется только для определения размера вознаграждения и не является источником таких выплат, то подобные расходы учитываются в целях налогообложения прибыли в составе расходов на оплату труда (письмо от 31.10.2013 № 03-03-06/4/46457).
Чиновники объяснили это тем, что в расходы на оплату труда включаются любые начисления работникам в денежной и (или) натуральной формах, стимулирующие начисления и надбавки, компенсационные начисления, связанные с режимом работы или условиями труда, премии и единовременные поощрительные начисления, расходы, связанные с содержанием этих работников, предусмотренные нормами законодательства РФ, трудовыми или коллективными договорами (ст. 255 НК РФ).
Если же вознаграждение руководителю осуществляется за счет прибыли, остающейся в распоряжении организации после налогообложения, то следует учитывать нормы п. 1 ст. 270 НК РФ, согласно которым при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций не учитываются расходы, в частности в виде сумм прибыли после налогообложения. То есть подобные выплаты не уменьшают налоговую базу по налогу на прибыль.