Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России в письме от 24.03.2014 № 03-08-РЗ/12843 сообщил следующее.
Законом у установлен приоритет правил и норм международных договоров Российской Федерации над соответствующими нормами НК РФ и принятыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами о налогах и (или) сборах (ст. 7 НК РФ).
Если российская организация оказывает услуги по договору с резидентом Японии, то прибыль, получаемая от такого вида деятельности российской организацией, подлежит налогообложению в России, а прибыль, получаемая японским резидентом, – в Японии (п. 1 ст. 5, п. 1 ст. 4 Конвенции между Правительством СССР и Правительством Японии от 18.01.1986 «Об избежании двойного налогообложения в отношении налогов на доходы», далее – конвенция).
Но доходы от авторских прав и лицензий, возникающие в одном договаривающемся государстве и выплачиваемые лицу с постоянным местопребыванием в другом договаривающемся государстве, могут облагаться налогами в последнем (п. 1 ст. 9 Конвенции). Поэтому доходы японской организации, получаемые от российской организации, могут рассматриваться как возмещение за предоставление права использования информации, касающейся научного опыта, и облагаться налогом в России по ставке 10 % (п. 1, подп. а и b п. 2 ст. 9 конвенции).