Как отметил Минфин, НДС исчисляется как соответствующая налоговой ставке процентная доля цен (тарифов) реализуемых товаров (работ, услуг) (п. 2 ст. 168 НК РФ). В счете-фактуре должна быть указана сумма НДС, определяемая исходя из налоговых ставок (подп. 11 п. 5 ст. 169 НК РФ). При этом порядок заполнения счетов-фактур устанавливается Правительством РФ (п. 8 ст. 169 НК РФ).
Согласно п. 6 ст. 52 НК РФ сумма налога исчисляется в полных рублях. Сумма налога менее 50 коп. отбрасывается, а сумма налога 50 коп. и более округляется до полного рубля. При этом необходимо иметь в виду, что эта статья регулирует порядок исчисления суммы налога, подлежащей уплате в бюджет за налоговый период, которая отражается в налоговой декларации. А в отношении счетов-фактур правило ст. 52 НК РФ не применяется.
(Письмо Минфина России от 17.02.2014 № 03-07-09/6395)