Если организация и ее обособленное подразделение находятся на территории, подведомственной одной налоговой инспекции, и эта организация не подала заявление в ИФНС о постановке на учет по месту нахождения подразделения, то ее можно оштрафовать только по п. 1 ст. 126 НК РФ — за непредставление документов. Санкции, предусмотренные п. 2 ст. 116 НК РФ (за ведение деятельности без постановки на учет) в данном случае не применяются.
Подпунктом 3 п. 2 ст. 23 НК РФ предусмотрена обязанность организаций сообщать в инспекцию по месту нахождения организации обо всех обособленных подразделениях, созданных на территории РФ (за исключением филиалов и представительств), в течение одного месяца со дня создания обособленного подразделения.
НК РФ не предусмотрено освобождение российской организации от исполнения обязанности, установленной подп. 3 п. 2 ст. 23 НК РФ, в случае, если обособленное подразделение организации расположено на территории, подведомственной налоговому органу, в котором эта организация состоит на учете по месту своего нахождения.
За непредставление в установленный срок в налоговый орган документов и (или) иных сведений, предусмотренных в данном случае п. 2 ст. 23 НК РФ, организация подлежит привлечению к ответственности по п. 1 ст. 126 НК РФ.
Что касается ответственности по п. 2 ст. 116 (за ведение деятельности без постановки на учет), то к ней компания привлекается только в случае, если она сама не состоит на учете в инспекции.