Если в компании проводилась одновременно выездная и камеральная проверка по одному налогу и за один налоговый период, то компания должна исполнить оба вступивших в силу решения — и по итогам выездной, и по результатам камеральной проверки. В случае несогласия с решениями инспекции компания вправе их обжаловать в вышестоящий налоговый орган. К таким выводам пришла ФНС России.
Чиновники отметили, что законодательство о налогах и сборах не содержит запрета на проведение одновременно как выездной, так и камеральной налоговой проверки по одним и тем же налогам за один и тот же период. Статья 89 НК РФ ограничивает лишь проведение двух и более выездных налоговых проверок по одним и тем же налогам за один и тот же период.
Камеральная и выездная налоговая проверка являются самостоятельными и отдельными формами налогового контроля. Невыявление налоговым органом в рамках проведения выездной налоговой проверки неправомерных действий налогоплательщика не исключает возможности установления и доказывания данных фактов в рамках проведения камеральной налоговой проверки, являющейся иной формой налогового контроля.
(Письмо ФНС России от 13.03.2014 № ЕД-4-2/4529)