Если сотрудник организации в течение месяца работает в нескольких обособленных подразделениях, то налог на доходы физических лиц с доходов такого сотрудника должен перечисляться в соответствующие бюджеты по месту нахождения каждого такого обособленного подразделения с учетом отработанного времени в каждом обособленном подразделении.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина РФ от 24.01.2008 № 03-04-06-01/16.