ФНС России в письме от 15.05.2014 № СА-4-14/9323 напомнила, что организации, в состав которых входят обособленные подразделения, расположенные в России, подлежат постановке на учет не только по месту своего нахождения, но и по месту нахождения каждого обособленного подразделения. Под обособленным понимается любое территориально обособленное от организации подразделение, где оборудованы стационарные рабочие места (п. 2 ст. 11 НК РФ). При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца.
Понятие рабочего места содержится в ст. 209 ТК РФ. Это место, где работник должен находиться или куда ему необходимо прибыть в связи с его работой и которое прямо или косвенно находится под контролем работодателя. Одним из обязательных условий трудового договора является указание места работы физического лица. Таким образом, из анализа трудовых договоров можно определить, какое место работы для сотрудника является основным.
НДФЛ с доходов работников уплачивается как по месту своего нахождения (головной организации), так и по месту нахождения обособленных подразделений (п. 7 ст. 226 НК РФ). При этом сумма налога, приходящаяся на подразделение, рассчитывается исходя из доходов работников этих обособленных подразделений.
Таким образом, если работник, направляемый в служебную командировку в обособленное подразделение, не является его работником, НДФЛ с суммы выплачиваемого ему дохода должен быть перечислен в бюджет по месту нахождения головной организации.