По мнению ФНС России, изложенному в письме от 25.07.2014 № БС-4-11/14507@, ежемесячное перечисление в бюджет в авансовом порядке суммы до удержания из доходов физических лиц НДФЛ не является налогом. Налоговые агенты обязаны правильно и своевременно исчислять, удерживать из денежных средств, выплачиваемых налогоплательщикам, и перечислять налоги в бюджет (подп.1 п. 3 ст. 24 НК РФ). При этом уплата налога за счет средств налоговых агентов не допускается (п. 9 ст. 226 НК РФ).
Поэтому если организация удержала НДФЛ до выплаты дохода физическому лицу, то она должен обратиться в налоговую инспекцию с заявлением на возврат перечисленной ранее суммы, не являющейся НДФЛ.