Если в книге покупок был ошибочно зарегистрирован электронный счет-фактура, покупатель должен внести аннулирующую запись в дополнительный лист книги покупок за тот налоговый период, в котором был ошибочно зарегистрирован этот счет-фактура (п. 2, 6 и 9 Правил заполнения книги покупок, применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Такие разъяснения содержатся в письме ФНС России от 05.11.2014 № ГД-4-3/22685@.
Кроме того, специалисты ФНС напомнили, что при обнаружении ошибок, которые приводят к занижению налога к уплате, организация должна подать уточненную налоговую декларацию в порядке, предусмотренном ст. 81 НК РФ. При этом информирование налогового органа о внесенных в счет-фактуру исправлениях законодательством о налогах и сборах не предусмотрено.