Суммы НДФЛ, исчисленные и удержанные с доходов работников обособленного подразделения, должны быть перечислены в налоговые органы по месту учета соответствующего обособленного подразделения. Таково общее правило, установленное в п. 7 ст. 226 НК РФ.
Минфин России в письме от 30.01.2015 № 03-04-06/3505 разъяснил, что когда работник организации в течение месяца работает в нескольких обособленных подразделениях, НДФЛ с его доходов должен перечисляться в соответствующие бюджеты по месту нахождения каждого обособленного подразделения с учетом отработанного времени. При этом не имеет значения, в каком из обособленных подразделений работник трудится на дату выплаты дохода.