Из подпункта 6 п. 3 ст. 170 НК РФ следует, что в случае получения налогоплательщиком в соответствии с законодательством Российской Федерации субсидий из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг), с учетом налога, а также на возмещение затрат по уплате налога при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе по основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению.
Минфин России в письме от 28.09.2015 № 03-07-11/55158 подтвердил свою позицию, изложенную в письме Минфина России от 20.04.2015 № 03-07-11/22383, согласно которой в отношении субсидий, выделенных не из федерального бюджета, а из иных бюджетов бюджетной системы Российской Федерации, на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг) с учетом налога на добавленную стоимость, указанная норма не применяется.