ФНС России в письме от 15.10.2015 № БС-4-11/17982 разъяснила порядок налогообложения дохода физического лица, полученного при заключении с ним государственного контракта на приобретение недвижимого имущества.
Подпунктом 2 п. 1 ст. 228 НК РФ предусмотрено, что физические лица, получившие доходы от продажи имущества, принадлежавшего этим лицам на праве собственности (за исключением случаев, предусмотренных п. 17.1 ст. 217 НК РФ, когда такие доходы не подлежат налогообложению), обязаны самостоятельно исчислить НДФЛ с таких доходов, представить в налоговый орган по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию и в установленные сроки уплатить исчисленный налог в бюджет.
Каких-либо особенностей порядка налогообложения дохода физического лица, полученного в результате заключения с ним государственного контракта на приобретение недвижимого имущества, НК РФ не установлено.
Таким образом, российская организация, от которой физические лица получили доход от продажи недвижимого имущества, принадлежавшего этим лицам на праве собственности, не является налоговым агентом в отношении таких доходов физических лиц и, соответственно, обязанностей по исчислению, удержанию и уплате НДФЛ не имеет.