В соответствии с п. 1 ст. 333.8 НК РФ налогоплательщиками водного налога признаются лица, осуществляющие пользование водными объектами, подлежащее лицензированию в соответствии с законодательством РФ. При этом согласно ст. 11 Закона РФ от 21.02.92 № 2395-1 «О недрах» предоставление недр в пользование оформляется специальным государственным разрешением в виде лицензии.
Согласно ст. 333.15 НК РФ налогоплательщики водного налога в срок, установленный для уплаты налога, представляют налоговую декларацию в налоговый орган по местонахождению объекта налогообложения.
ФНС России в письме от 29.04.2016 № СД-4-3/7821 обратила внимание на то, что обязанность представлять налоговую декларацию по тому или иному виду налога обусловлена не наличием суммы такого налога к уплате, а положениями закона об этом виде налога, которыми соответствующее лицо отнесено к числу плательщиков такого налога.
Поэтому в случае наличия у организации лицензии на пользование недрами, предусматривающей возможность забора воды из водных объектов, организация является плательщиком водного налога и обязана представлять декларацию по водному налогу, в том числе в случае отсутствия факта забора воды из водных объектов в налоговом периоде.
Позиция налоговиков согласована с Минфином России (письмо Минфина России от 18.04.2016 № 03-06-05-02/22123).