По мнению ФНС России, при представлении уточненной декларации по НДС компания должна включить в нее даже те разделы, в которые изменения не вносились.
Если налогоплательщик обнаружил в поданной им в налоговый орган декларации факт неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибки, приводящие к занижению суммы налога, подлежащей уплате, он обязан внести в сданную отчетность необходимые изменения. Делается это путем представления уточненной декларации (п. 1 ст. 81 НК РФ).
В письме от 11.03.2016 № ЕД-4-15/3967 специалисты ФНС России отметили, что в случае представления налогоплательщиком уточненной декларации по НДС в нее должны быть включены все разделы, ранее представленные в налоговый орган, в том числе и те разделы, в которые изменения не вносились. При этом налоговики сослались на Порядок заполнения декларации по НДС (утвержден приказом ФНС России от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@), в котором сказано, что в уточненную декларацию подлежат включению те разделы декларации и приложения к ним, которые ранее были представлены налогоплательщиком в налоговый орган, с учетом внесенных в них изменений, а также иные разделы декларации и приложения к ним в случае внесения в них изменений (дополнений).