Минфин России в письме от 12.08.2016 № 03-07-11/47448 разъяснил, что в отношении операций по передаче городской администрацией имущественных прав, в том числе прав требования у строительной организации обязательства по передаче квартир, не применяются положения п. 3 ст. 161 НК РФ.
Напомним, что согласно этой норме при реализации (передаче) на территории РФ муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, налоговая база по НДС определяется как сумма дохода от реализации (передачи) этого имущества с учетом налога. В этом случае налоговыми агентами признаются покупатели (получатели) указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить расчетным методом, удержать из выплачиваемых доходов и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
Таким образом, при получении организацией от городской администрации прав требования у строительной организации обязательства по передаче квартир обязанности выступать в качестве налогового агента по НДС у данной организации не возникает.