Головная организация обязана вести учёт доходов, полученных от неё физическими лицами, отдельно по головной организации и отдельно по всем обособленным подразделениям.
При этом при перечислении НДФЛ она обязана оформлять отдельные платёжные поручения по каждому обособленному подразделению с указанием его КПП и соответствующего кода ОКАТО муниципального образования. Если все подразделения расположены на территории одного муниципального образования, зарегистрированы в одном налоговом органе и имеют один и тот же КПП, то головная организация вправе перечислить НДФЛ централизованно одним платёжным поручением. Если же у них разные КПП, то должны быть и разные платёжки.
Такие разъяснения были приведены в Письме Минфина России от 03.07.2009 № 03-04-06-01/153.