При исчислении НДС, подлежащего уплате в бюджет, налогоплательщик имеет право общую сумму налога, исчисленную к уплате, уменьшить на суммы НДС, перечисленного с оплаты (частичной оплаты) в счёт предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг, передачи имущественных прав) (ст. 171 НК РФ).
Таким образом, НК РФ предусмотрено именно право налогоплательщика на вычет НДС по предварительной оплате, а не обязанность.
Об этом Минфина России напомнил в письме от 01.09.2009 № 03-07-14/92.