Денежные средства, получаемые арендодателем от арендатора в качестве особого способа обеспечения исполнения обязательств, предусмотренных условиями договора аренды, в том числе обязательств по оплате услуг по аренде, следует относить к денежным средствам, связанным с оплатой услуг. В связи с этим суммы обеспечительного платежа подлежат включению в налоговую базу по НДС.
В случае если обеспечительный платёж по предыдущему договору аренды засчитывается в счёт обеспечительного платежа по новому договору аренды, сумма НДС, исчисленная арендодателем при его получении, к вычету не принимается на основании п. 5 ст. 172 НК РФ, поскольку обеспечительный платёж арендатору не возвращается. При этом начислять НДС повторно на сумму обеспечительного платежа, зачтённого в счёт обеспечительного платежа по новому договору аренды, по мнению Минфина, не следует.
Согласно подп. 2 п. 1 ст. 251 НК РФ при получении арендодателем от арендатора платежа для обеспечения исполнения обязательств при условии возврата указанных сумм после истечения срока договора аренды у налогоплательщика-арендодателя не возникает доходов, учитываемых при исчислении налогооблагаемой прибыли.
Такое разъяснение содержится в Письме Минфина от 17.09.2009 № 03-07-11/231.