Объектом обложения НДС признаются операции по реализации товаров (работ, услуг), передаче имущественных прав на территории РФ (подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ).
Согласно подп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ суммы, связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг), увеличивают налоговую базу по НДС.
Минфин России в Письме от 14.10.2009 № 03-07-11/253 указал, что суммы компенсации аудиторской компании командировочных расходов (проживание в гостинице, транспорт, питание), не включённых в стоимость аудиторских услуг в рамках договоров, признаются средствами, связанными с оплатой аудиторских услуг.
Следовательно, суммы такой компенсации включаются в базу по НДС.