Суммы излишне уплаченных налогоплательщиком НДС или налога на прибыль организаций могут быть в установленном порядке зачтены организации в счёт погашения недоимки по иным федеральным налогам.
Этот вывод справедлив даже для тех случаев, когда доходы от федеральных налогов подлежат зачислению в разные бюджеты бюджетной системы Российской Федерации. Налог на доходы физических лиц тоже федеральный, однако по нему организация является не налогоплательщиком, а налоговым агентом, удерживающим налог из доходов работников. В этой связи, как полагает Минфин России, суммы излишне уплаченных налогоплательщиком НДС и налога на прибыль не могут быть зачтены налоговому агенту в счёт погашения недоимки или в счёт предстоящих платежей по НДФЛ (Письмо от 20.11.2009 № 03-02-07/1-515).