Ст. 302 ТК РФ предусмотрено, что работникам организаций, не относящихся к бюджетной сфере, надбавка за вахтовый метод работы выплачивается в размере и порядке, устанавливаемых коллективным договором, локальным нормативным актом, принимаемым с учётом мнения выборного органа первичной профсоюзной организации, трудовым договором.
Компенсационные выплаты, предусмотренные ст. 302 ТК РФ, произведённые лицам, выполняющим работы вахтовым методом, в размере, установленном локальным нормативным актом организации, не подлежат обложению НДФЛ на основании п. 3 ст. 217 НК РФ и ЕСН на основании подп. 2 п. 1 ст. 238 НК РФ.
Кроме того, если коллективным договором предусмотрена выплата надбавки за вахтовый метод работы за каждый день пребывания в местах производства работ в период вахты, то в соответствии с п. 3 ст. 255 НК РФ такие затраты могут относиться к расходам на оплату труда и уменьшать налоговую базу по налогу на прибыль.
Об этом сообщил Минфин России в Письме от 03.12.2009 № 03-04-06-01/313.