Налоговые агенты – российские организации обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения (п. 7 ст. 226 НК РФ).
В случае, когда работник организации в течение месяца работает и в обособленном подразделении, и в головной организации, НДФЛ с доходов такого работника должен перечисляться в соответствующие бюджеты и по месту нахождения обособленного подразделения, и по месту нахождения головной организации с учётом отработанного времени.
При этом уплата НДФЛ с доходов, полученных сотрудниками обособленного подразделения, не имеющего отдельного баланса, производится головной организацией.
Такие разъяснения содержатся в Письме Минфина России от 29.03.2010 № 03-04-06/55.