Из текста вашего вопроса следует, что вы работаете в организации, не относящейся к бюджетной сфере. Статьей 325 Трудового кодекса установлено, что размер, условия и порядок компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих у работодателей, не относящихся к бюджетной сфере, устанавливаются коллективными договорами, локальными нормативными актами, принимаемыми с учетом мнения выборных органов первичных профсоюзных организаций, трудовыми договорами.
В состав расходов на оплату труда включаются в том числе фактические расходы на оплату проезда работников и лиц, находящихся у этих работников на иждивении, к месту использования отпуска на территории РФ и обратно в порядке, предусмотренном действующим законодательством, — для организаций, финансируемых из соответствующих бюджетов, и в порядке, предусмотренном работодателем, — для иных организаций (п. 7 ст. 255 НК РФ).
Таким образом, для включения в состав расходов на оплату труда стоимости проезда к месту отпуска на территории РФ и обратно в вашем случае необходимо, чтобы порядок компенсации таких затрат был установлен либо локальным нормативным актом вашей организации, либо коллективным договором, либо трудовым договором. Это подтверждает и Минфин России (письмо от 17.02.2011 № 03-03-06/1/105).
По всей видимости, локального нормативного акта, а также коллективного договора, устанавливающих обязанность по оплате проезда работников к месту использования отпуска на территории РФ и обратно, в вашей организации нет. А у тех сотрудников, которым проезд в отпуск и обратно оплачивается, такая обязанность скорее всего предусмотрена их трудовым договором.
Однако Конституционный суд РФ в постановлении № 2-П от 09.02.2012 отметил, что гарантия по компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно, предусмотренная ст. 325 ТК РФ, должна распространяться на всех лиц, осуществляющих трудовую деятельность в районах Крайнего Севера, независимо от правового положения работодателя. И работодатель, не относящийся к бюджетной сфере, не может лишить работников предусмотренной законом гарантии и уклониться от установления компенсации.
Таким образом, вы вправе требовать от организации компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно, даже если в организации отсутствует локальный нормативный акт, устанавливающий порядок такой компенсации.
В этом случае организация не сможет учесть суммы выплат в составе расходов на основании п. 7 ст. 255 НК РФ (ввиду отсутствия у нее локального нормативного акта, устанавливающего размер и порядок выплаты компенсации). То есть оплачиваться такие расходы будут за счет средств организации, оставшихся после налогообложения прибыли.
Если же организация откажет вам в компенсации расходов, вы, учитывая позицию Конституционного суда, сможете добиться от нее оплаты расходов на проезд к месту проведения отпуска и обратно в судебном порядке.
Чтобы расходы на компенсацию вам стоимости проезда могли быть учтены для целей налогообложения, работодатель должен либо издать соответствующий локальный нормативный акт, либо внести изменения в ваш трудовой договор, установив в нем порядок компенсации таких расходов. Причем размер вашей компенсации должен быть аналогичным размеру компенсации других работников организации. В противном случае у организации могут быть проблемы с обоснованием расходов при их учете на основании п. 7 ст. 255 НК РФ в целях налогообложения прибыли.