Работа на условиях франшизы означает, что торговая компания предоставила вам право использовать разработанную ею бизнес-модель в вашей предпринимательской деятельности. В российском законодательстве подобные отношения регулируются договором коммерческой концессии (п. 1 ст. 1027 ГК РФ). С юридической точки зрения торговая компания передала вашей организации право пользования комплексом принадлежащих ей исключительных прав, включая право пользования товарным знаком. За пользование этим комплексом прав торговая компания получает вознаграждение, которое может выплачиваться в форме фиксированных разовых и (или) периодических платежей, отчислений от выручки, наценки на оптовую цену товаров, передаваемых правообладателем для перепродажи, или в иной форме, предусмотренной договором (ст. 1030 ГК РФ). К сожалению, вы не указали в тексте вопроса, какие именно права были переданы вам в пользование. А между тем состав этих прав весьма важен в целях учета платежей по договору в составе расходов, учитываемых при определении налоговой базы по УСН.
Дело в том, что организации, применяющие УСН, могут учесть в составе расходов затраты на приобретение исключительных прав на изобретения, полезные модели, промышленные образцы, программы для электронных вычислительных машин, базы данных, топологии интегральных микросхем, секреты производства (ноу-хау), а также прав на использование указанных результатов интеллектуальной деятельности на основании лицензионного договора (подп. 2.1 п. 1 ст. 346.16 НК РФ). Поскольку к договору коммерческой концессии применяются правила о лицензионном договоре (п. 4 ст. 1027 ГК РФ), эта норма может быть использована в качестве основания для учета разового платежа по договору коммерческой концессии. Но только в том случае, если передаваемый в пользование комплекс прав включает в себя какие-либо из поименованных в подп. 2.1 п. 1 ст. 346.16 НК РФ прав, например, право пользования секретом производства (ноу-хау). Если же комплекс прав включает в себя, например, только право пользования товарным знаком и знаком обслуживания, разовый платеж учесть в составе расходов при УСН не удастся.
Что касается ежемесячных платежей в виде процента от выручки, вы можете учесть их в составе расходов на основании подп. 32 п. 1 ст. 346.16 НК РФ как периодические (текущие) платежи за пользование правами на результаты интеллектуальной деятельности и средствами индивидуализации.