Никаких проблем с учетом расходов на приобретение оборудования по ценам, превышающим рыночные, и принятием к вычету НДС по такому оборудованию в вашем случае быть не должно. Объясним почему.
Из текста вопроса следует, что ваша организация заключила с владельцем бренда, под маркой которого вы планируете работать, договор коммерческой концессии. По такому договору правообладатель обязуется предоставить пользователю право использовать в своей предпринимательской деятельности комплекс принадлежащих правообладателю исключительных прав (п. 1 ст. 1027 ГК РФ). В этот комплекс могут входить права на товарный знак, знак обслуживания, коммерческое обозначение, секрет производства (ноу-хау), а также другие предусмотренные договором объекты исключительных прав.
Правообладатель определяет рамки, в пределах которых пользователь вправе использовать комплекс исключительных прав, деловой репутации и коммерческого опыта правообладателя. Он может ограничить использование комплекса переданных прав определенной территорией применительно к определенной сфере предпринимательской деятельности (продаже товаров, полученных от правообладателя или произведенных пользователем, осуществлению иной торговой деятельности, выполнению работ, оказанию услуг) (п. 2 ст. 1027 ГК РФ).
Правообладатель может наложить на пользователя и иные ограничения. Примеры таких ограничений приведены в п. 1 ст. 1033 ГК РФ. Например, правообладатель может обязать пользователя реализовывать, в том числе перепродавать, произведенные и (или) закупленные товары, выполнять работы или оказывать услуги с использованием принадлежащих правообладателю исключительных прав по установленным правообладателем ценам. Или обязать пользователя согласовывать с правообладателем место расположения коммерческих помещений, используемых при осуществлении предоставленных по договору исключительных прав, а также их внешнее и внутреннее оформление. Перечень ограничений, приведенный в п. 1 ст. 1033 ГК РФ, не является закрытым. То есть договором могут быть предусмотрены и иные ограничения, в частности обязанность закупать оборудование у конкретного поставщика. Отметим, что ограничительные условия могут быть признаны недействительными только по требованию антимонопольного органа или иного заинтересованного лица, если эти условия с учетом состояния соответствующего рынка и экономического положения сторон противоречат антимонопольному законодательству (п. 3 ст. 1033 ГК РФ).
Налоговики вправе контролировать цену сделки только между взаимозависимыми лицами (ст. 105.3 НК РФ). Однако правообладатель и пользователь, заключившие между собой договор коммерческой концессии, взаимозависимыми лицами не являются. Ведь влияние на результаты сделок, совершаемых пользователем, правообладатель оказывает в результате особенностей заключенного между ними договора. А такое влияние не является основанием для признания лиц взаимозависимыми для целей налогообложения (п. 4 ст. 105.1 НК РФ). Цены, применяемые в сделках, сторонами которых являются лица, не признаваемые взаимозависимыми, а также доходы (прибыль, выручка), получаемые лицами, являющимися сторонами таких сделок, признаются рыночными (п. 1 ст. 105.3 НК РФ). Таким образом, пользователю не нужно в целях налогообложения корректировать стоимость приобретенного им у правообладателя по завышенным ценам оборудования, а также НДС уплаченного по такому оборудованию.