Камеральная налоговая проверка проводится по месту нахождения налогового органа на основе деклараций и документов, имеющихся у налогового органа, в течение трех месяцев со дня представления декларации (ст. 88 НК РФ).
В течение 10 дней после окончания камеральной проверки составляется акт налоговой проверки по форме, утвержденной Приказом ФНС России от 25.12.2006 N САЭ-3-06/892@. Акт подписывается лицами, проводившими проверку, и лицом (его представителем), в отношении которого проводилась проверка (ст. 100 НК РФ).
В вашем случае налоговым органом соблюдены все сроки проведения и оформления результатов проверки.
При обнаружении ошибок в налоговой декларации налогоплательщик обязан представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию (ст. 81 НК РФ).
"Уточненка" может быть представлена после истечения срока подачи налоговой декларации и срока уплаты налога.
Однако в этом случае налогоплательщик освобождается от ответственности только в случае представления уточненной налоговой декларации до момента, когда он узнал об обнаружении налоговым органом факта неотражения или неполноты отражения сведений в налоговой декларации, а также ошибок, приводящих к занижению подлежащей уплате суммы налога (п. 4 ст. 81 НК РФ).
В вашем случае уточненная налоговая декларация была представлена в налоговый орган уже после ознакомления с актом налоговой проверки. Следовательно, действие п. 4 ст. 81 НК РФ на ваш случай не распространяется и налоговый орган совершенно обоснованно отказался рассматривать представленную вами уточненную налоговую декларацию.