На наш взгляд, внереализационный доход в такой ситуации не возникает. Но свою правоту скорее всего придется отстаивать в судебном порядке.
Дело в том, что суммы, на которые произошло уменьшение уставного капитала организации, признаются внереализационным доходом только в том случае, если такое уменьшение осуществлено с одновременным отказом от возврата стоимости соответствующей части взносов акционерам (участникам) организации (п. 16 ст. 250 НК РФ).
При этом суммы, на которые произошло уменьшение уставного капитала в соответствии с требованиями законодательства РФ, при определении налоговой базы по налогу на прибыль не учитываются (подп. 17 п. 1 ст. 251 НК РФ).
Вы уменьшаете уставный капитал согласно п. 6 ст. 35 Федерального закона от 26.12.95 № 208-ФЗ. Эта норма предписывает уменьшить его до величины, не превышающей стоимость чистых активов. Иными словами, уставный капитал после уменьшения может быть и меньше величины чистых активов. Главное, чтобы он эту величину не превышал. Следовательно, вы действуете в соответствии с требованиями законодательства РФ. А значит, налогооблагаемый доход в силу подп. 17 п. 1 ст. 251 НК РФ не возникает.
Однако налоговые органы считают иначе. Они полагают, что положения подп. 17 п. 1 ст. 251 НК РФ применяются только в части доходов, связанных с уменьшением уставного капитала до стоимости чистых активов. Если же он уменьшен до величины ниже, чем размер чистых активов, разница между размерами чистых активов и уставного капитала признается внереализационным доходом в соответствии с п. 16 ст. 250 НК РФ (письмо ФНС России от 06.09.2012 № АС-4-3/14878@).
Заметим, что некоторые суды придерживаются аналогичного мнения (постановление ФАС Северо-Кавказского округа от 07.04.2008 № Ф08-1417/08-503А). Однако большинство судов считают, что и при уменьшении уставного капитала до величины меньшей, чем стоимость чистых активов, внереализационного дохода не возникает (см., например, постановление ФАС Поволжского округа от 03.04.2012 № А65-12721/2011).
Таким образом, шансы отстоять свою позицию в суде у организации весьма велики.