Да, вы имеете полное право принимать к вычету НДС, предъявленный поставщиками и подрядчиками и оплаченный за счет средств, полученных из федерального бюджета на реконструкцию производства по федеральной целевой программе. Объясняется это следующим образом.
Предоставление бюджетных инвестиций юридическим лицам, не являющимся государственными или муниципальными учреждениями и государственными или муниципальными унитарными предприятиями, влечет за собой возникновение права государственной собственности на эквивалентную часть уставного капитала компании — получателя инвестиций (п. 1 ст. 80 БК РФ).
Порядок выделения средств из федерального бюджета негосударственным коммерческим организациям при условии обеспечения участия РФ либо увеличения доли РФ в уставных капиталах этих организаций утвержден постановлением Правительства РФ от 01.06.98 № 548 (далее — Порядок). Им установлено, что средства выделяются компаниям целевым назначением на строительство, техническое перевооружение и реконструкцию при условии приобретения в федеральную собственность по рыночной стоимости акций этих организаций, определяемой по состоянию на дату передачи указанных акций в федеральную собственность (п. 1, 2 Порядка). Перечисление средств федерального бюджета открытым акционерным обществам осуществляется после регистрации ими в соответствии с законодательством РФ дополнительного выпуска акций и приобретения РФ права собственности на соответствующее финансированию количество акций (п. 3 Порядка). При этом основанием для перечисления средств является договор, заключенный между открытым акционерным обществом, Федеральным агентством по управлению федеральным имуществом и соответствующим главным распорядителем средств федерального бюджета (п. 4 Порядка).
Таким образом, федеральные инвестиции, перечисленные вашему ОАО на реконструкцию производства по федеральной целевой программе, являются вкладом РФ в уставный капитал вашего ОАО. И с момента их получения собственником денежных средств, поступивших из федерального бюджета, является ОАО (п. 1 ст. 66 ГК РФ). Следовательно, оплату поставщикам и подрядчикам за счет поступивших инвестиций нельзя рассматривать как оплату за счет средств федерального бюджета. Такая оплата осуществляется за счет собственных средств организации. Поэтому, вы имеете полное право принять к вычету НДС, предъявленный поставщиками и подрядчиками.
Это подтверждает и Минфин России. В своих письмах от 12.01.2012 № 03-07-11/05, от 31.10.2011 № 03-07-11/291, от 01.09.2010 № 03-07-11/375, от 01.04.2010 № 03-07-11/83 специалисты финансового ведомства разъяснили следующее. Средства, полученные организацией из федерального бюджета в виде взноса в уставный капитал организации, в целях применения НДС не являются средствами федерального бюджета, из которых оплачивается данный налог при приобретении товаров (работ, услуг). В связи с этим налог по приобретенным товарам (работам, услугам), оплачиваемым за счет указанных средств, принимается к вычету в общеустановленном порядке.