Субсидии в целях возмещения затрат в связи с производством (реализацией) товаров, выполнением работ, оказанием услуг могут предоставляться организациям из федерального, регионального или местного бюджета (п. 1, 2 ст. 78 БК РФ).
Если субсидия получена из федерального бюджета, НДС, принятый к вычету по выполненным подрядчиком работам, нужно восстановить. Это следует из подп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ. Согласно данной норме в случае получения субсидий из федерального бюджета на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретенных товаров (работ, услуг) с учетом налога, НДС, ранее принятый к вычету по этим товарам (работам, услугам), подлежит восстановлению в том налоговом периоде, в котором получены суммы предоставляемых субсидий. Таким образом, если субсидия получена из федерального бюджета, восстановить принятый к вычету НДС по проведенным работам нужно в IV квартале.
Если субсидия получена из регионального или местного бюджета, ни уточнять сумму НДС за II квартал, ни восстанавливать его в IV квартале не надо. Ведь Налоговый кодекс требует восстановления НДС только при получении субсидий из федерального бюджета. Минфин России это подтверждает. Так, в письме от 19.09.2013 № 03-07-11/38849 специалисты финансового ведомства указали, что при получении субсидии из регионального бюджета оснований для восстановления сумм НДС, ранее принятых к вычету, не имеется. Аналогичные разъяснения содержатся и в письме Минфина России от 30.10.2012 № 03-07-11/462.