Ответ на ваш вопрос содержится в письме ФНС России от 05.11.2014 № ГД-4-3/22685@. В нем налоговики изложили порядок действий покупателя в случаях ошибочной регистрации счета-фактуры в книге покупок. Рекомендуем воспользоваться разъяснениями специалистов налогового ведомства.
Сразу скажем, что под ошибочной регистрацией понимается ситуация, когда в книгу покупок занесен счет-фактура при отсутствии права на это. Например, в счете-фактуре содержатся ошибки, препятствующие налоговым органам идентифицировать продавца, покупателя, наименование товаров (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, предъявленную покупателю. Или счет-фактура оформлен с нарушением требований п. 5, 5.1 и 6 ст. 169 НК РФ. Такой счет-фактура не может служить основанием для принятия НДС к вычету (п. 2 ст. 169 НК РФ). А значит, он не подлежит регистрации в книге покупок. Ведь в ней регистрируются счета-фактуры по мере возникновения права на вычеты (п. 3 Правил ведения книги покупок, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).
Итак, налоговики указали, что при выявлении факта ошибочной регистрации счета-фактуры в прошлом налоговом периоде действия покупателя будут следующими.
Во-первых, нужно провести исправления в книге покупок. Они осуществляются путем внесения аннулирующей записи в дополнительный лист книги покупок за налоговый период, в котором был ошибочно зарегистрирован счет-фактура, в порядке, предусмотренном п. 2 и 6 Правил заполнения дополнительного листа книги покупок. Это следует из п. 9 Правил ведения книги покупок.
Отметим, что согласно п. 5 Правил заполнения дополнительного листа книги покупок при внесении аннулирующих записей показатели в графах 15—16 дополнительного листа книги покупок указываются с отрицательным значением.
Во-вторых, после внесения исправлений покупатель должен представить в налоговый орган уточненную декларацию по НДС за налоговый период, в котором были внесены соответствующие изменения в книгу покупок. Ведь аннулирование записи в книге покупок после окончания налогового периода приведет к тому, что итоговая сумма НДС к вычету, указанная в книге покупок за этот налоговый период, станет меньше заявленной к вычету в налоговой декларации. А при обнаружении в сданной налоговой декларации факта неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибок, приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате в бюджет, налогоплательщик обязан представить уточненную декларацию (п. 1 ст. 81 НК РФ).