Бухгалтер компании-покупателя не прав, требуя, чтобы все первичные документы и счета-фактуры были оформлены от имени организации, а не ее обособленного подразделения. Объясним почему.
Договором признается соглашение двух или нескольких лиц об установлении, изменении или прекращении гражданских прав и обязанностей (п. 1 ст. 420 НК РФ). В гражданском законодательстве под лицами понимаются граждане и юридические лица. Обособленные подразделения организации, в том числе ее филиалы и представительства, юридическими лицами не являются (п. 3 ст. 55 ГК РФ). Поэтому компания-покупатель может заключить договор поставки только с организацией, а не с ее обособленным подразделением.
Обособленное подразделение представляет собой часть организации-продавца. Следовательно, при отгрузке товаров через обособленное подразделение в счет исполнения договора поставки отгрузку осуществляет именно организация, которая указана в договоре, а не какое-то иное лицо.
В счете-фактуре при такой отгрузке в строках «Продавец» (2), «Адрес» (2а) и «ИНН/КПП продавца» (2б) указываются наименование, местонахождение и ИНН организации (подп. «в», «г», «д» п. 1 Правил заполнения счета-фактуры, применяемого при расчетах по НДС, утвержденных постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Что касается КПП, то согласно разъяснениям чиновников (письма Минфина России от 03.06.2014 № 03-07-15/26524, ФНС России от 08.07.2014 № ГД-4-3/13250@) в строке 2б «ИНН/КПП продавца» счета-фактуры записывается КПП соответствующего обособленного подразделения, а в строке 3 «Грузоотправитель и его адрес» — наименование и почтовый адрес данного обособленного подразделения. При этом чиновники подчеркивают, что если организация реализует товары через свое обособленное подразделение, то счета-фактуры по отгруженным товарам могут выписываться обособленными подразделениями только от имени организаций.
Таким образом, счет-фактура с указанием КПП обособленного подразделения является счетом-фактурой организации, с которой компания заключила договор поставки. И поскольку он оформлен в соответствии с требованиями законодательства, никаких изменений вносить в него не нужно. То же самое касается и остальных первичных документов.