Да, вы можете принять НДС, перечисленный в бюджет с суммы полученного аванса. При этом в данном случае не имеет значения, что с момента получения аванса прошло более трех лет. Расскажем подробнее.
По общему правилу продавец, получивший предоплату в счет будущей поставки товаров (выполнения работ, оказания услуг), включает ее в налоговую базу по НДС (подп. 1 п. 1 ст. 167 НК РФ). При этом он исчисляет налог по расчетной ставке (п. 4 ст. 164 НК РФ) и выставляет в адрес покупателя, перечислившего аванс, счет-фактуру (п. 3 ст. 168 НК РФ).
Исчисленную с полученного аванса сумму НДС продавец вправе принять к вычету (п. 8 ст. 171 НК РФ). Вычет производится с даты отгрузки соответствующих товаров (выполнения работ, оказания услуг). Такой порядок прямо предусмотрен в п. 6 ст. 172 НК РФ.
При длящихся работах может возникать ситуация, когда выполнение работ в счет полученной предоплаты происходит по истечении трех лет с момента получения аванса и уплаты НДС по нему.
Налоговый кодекс ограничивает тремя годами с момента уплаты налога возможность его зачета или возврата (п. 7 ст. 78 НК РФ). А распространяется ли это ограничение на вычет НДС с аванса, полученного более трех лет назад? Четкого ответа на этот вопрос Налоговый кодекс не содержит.
В письме от 07.05.2018 № 03-07-11/30585 специалисты финансового ведомства, руководствуясь положениями п. 8 ст. 171 и п. 6 ст. 172 НК РФ, разъяснили, что вычет НДС с полученного аванса производится на дату фактического оказания услуг. Финансисты указали, что это правило действует и в том случае, когда услуги оказываются по истечении трех лет с даты получения оплаты, частичной оплаты.
Таким образом, из сказанного финансистами следует, что трехлетний срок для зачета (возврата) излишне уплаченного налога, установленный п. 7 ст. 78 НК РФ, к вычету НДС по полученному авансу не имеет никакого отношения.
Обратите внимание, что на вычет НДС по авансу не распространяется и трехлетний срок, установленный п. 1.1 ст. 172 НК РФ. Данную позицию специалисты Минфина России высказали в письме от 09.04.2015 № 03-07-11/20290. Согласно указанной норме Кодекса налоговые вычеты, предусмотренные п. 2 ст. 171 НК РФ, могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных товаров (работ, услуг). То есть речь в п. 1.1 ст. 172 НК РФ идет только о вычете НДС по приобретенным товарам (работам, услугам). Поэтому принять к вычету налог с полученного аванса компания должна именно в том периоде, когда в счет аванса была произведена отгрузка товаров (выполнение работ, оказание услуг).